유 교수는 대한민국 임시정부의 정통성을 부정해 거센 비판을 받고 있는 중고교 역사 국정교과서의 현대사 부분을 집필했다.

그는 “최순실 파문으로 국가가 혼돈에 빠져 있습니다. 벼랑 끝에 몰린 대통령님 곁에 책임지는 측근 하나 보이지 않는다”고 썼다. 그런 다음 “사면초가, 지금이야말로 국가와 대통령님을 위해 기도할 때입니다. 신앙과 정파에 관계없이 대한민국과 대통령님을 위해 기도해 주십시오”라고 촉구했다. 또한 성경의 마태복음 10장 26절을 인용해 “하느님 앞에 죄없다고 할 사람이 어디 있겠느냐”고 반문하기도 했다.

유 교수는 현재 국사편찬위원회 위원과 민주평통자문회의 수석부의장도 맡고 있으며, 이번 국정교과서 편찬에 참여했다. 현대사 단원은 유 교수 이외에 5명이 집필진에 참여했다. 교육부와 국사편찬위원회는 이날 집필진 구성과 관련해 “균형성과 전문성을 고려했으며, 공모와 초빙을 통해 학계의 전문가들로 구성했다”고 발표했다. 하지만 박 대통령을 위해 기도하자는 그의 발언으로 인해 집필진의 구성을 놓고 논란이 벌어질 것으로 예상된다.