ISD는 FTA 체결국가가 협정상의 의무나 투자계약을 어겨 투자자가 손해를 봤을 때 해당 정부를 상대로 제3자의 민간기구에 국제중재를 신청할 수 있도록 한 제도로 FTA협상 당시 대표적인 독소조항으로 꼽혔다.

당시 정부·여당은 ISD가 투자자 보호를 위한 글로벌 스탠더드라고 주장했고, 야당은 국가 정책과 사법 주권을 침해하는 독소 조항이라고 주장했다.

당시 야당이 ISD를 독소조항이라고 주장했던 논리는 “ISD가 한국의 사법주권과 공공정책 결정권 등 주권을 침해한다”는 것이었다. 중재기구에서 판정을 내리기 때문에 한국 사법부가 개입할 수도 없고, 미국 투자자가 한국 법원의 판결에 대해서도 중재에 회부할 수 있다는 점에서 사법주권이 침해되는 것으로 판단한 것이었다.

야당은 또한 한국 정부가 국내산업 보호정책을 실행할 때, 미국 투자자들이 ISD를 이용해 대응할 수 있기에 공공정책 결정권에도 침해된다고 주장했다.

이 외에도 ISD가 국가 정책을 무력화시키고, 사법주권을 침해시키며, 미국에 일방적으로 유리하다는 주장과 함께, ISD 조항을 넣지 않은 호주 및 이스라엘의 경우를 예로 들면서 ISD 조항을 둘러싸고 굉장히 많은 논란이 일었다.

정부는 지난 2014년 자유무역협정(FTA)의 투자·국가소송제(ISD)에 대해 설명하면서 "ISD는 반세기 동안 여러 국가가 인정한 보편적 규정으로 지속적인 외국인 투자 유치를 위해 필요하다“고 당위성을 밝히며 ”미 FTA의 ISD는 투자자 보호와 국가 규제 권한 간 균형을 이룬 발전된 형태로 우리의 법·제도와 조화를 이룰 수 있도록 여러 안전장치를 마련했다”고 설명하고 그대로 유지하겠다는 방침을 밝힌 바 있다. 

이는 정부가 ISD 자체를 폐기할 수 없다며 재차 공언한 것이었다.